Нейропротект проверяет файл ещё в процессе загрузки. Он отправляет на антивирусные сервера Яндекса информацию, которая может указать на угрозу. Передаётся не весь файл, а только его хэш — поэтому проверка происходит быстро. Если файл заражён, Нейропротект заблокирует его и сообщит об опасности.
Браузер защищает и от вредоносных расширений. Расширения браузера нельзя установить втайне от вас, а при установке — каждое расширение проходит такую же проверку.
Подробнее в Справке.